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鉴于蛋白质相互作用的多样性、动态性,因此,将免疫沉淀技术(Co-IP)和LC-MS有机结合,高通量、系统性的解析特定蛋白质的相互作用网络,具有显著的技术优势,体现在:(1)能真正从系统学层面上解析蛋白质相互作用的复杂、动态网络。免疫沉淀复合物通过LC-MS鉴定,至少能鉴定到几百个蛋白质,排除一些非特异性的相互作用,至少能筛选出几十到上百个潜在的、与目的蛋白相互作用分子。非常有利于系统理解特定蛋白质及其相互作用网络与细胞生理功能的关系;
有助于快速锁定相互作用目标分子。通过LC-MS的鉴定结果,能一目了然的明晰样品到底有哪些蛋白质,看到了,就能更好的去选择和验证,方向更为明确,实验成功率显著提高;
研究方向和目标更具系统性。因为通过一次LC-MS实验,至少能鉴定几十个潜在的、与目的蛋白相互作用的分子,建立属于自己的、独有的相互作用数据库。分别对这些潜在的相互作用进行深入的生物学功能实验分析,能发表一系列连续的学术文章,使研究者的成果更为系统。
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